Après la paix de Nimègue en 1678, Louis XIV voulut consolider ses conquêtes. Il donna l'ordre à Vauban de se rendre à Bayonne. Celui-ci arriva en 1680 et, accompagné de Monsieur Ferry, ingénieur général des fortifications de la Guyenne, se mit à entreprendre les plans de renforcement de la frontière espagnole.
Appuyant son système sur deux points d'appui, Navarrenx et Saint-Jean Pied de Port, il décide d'édifier la Citadelle de Bayonne comme place de dépôt. Conçue comme un carré de 240 toises de coté (240 toises=480 mètres) la Citadelle se bastionne et s'organise pour devenir une forteresse inexpugnable.

Les nombreuses courtines et demi-lunes, obstacles parapets et glacis témoignent encore de nos jours du génie militaire de Vauban.
Pendant les guerres de la révolution et de l'empire la Citadelle sert de lieu d'internement des personnes indésirables.

En 1814, la Citadelle commandée par le général Maucomble, résista victorieusement aux troupes anglaises de Wellington, capturant même au cours d'une sortie (14 avril 1814) le général Hoppe, commandant les troupes assiégeantes.
S'étendant sur plus de 43 hectares, la Citadelle est occupée depuis 1954 par les parachutistes du 1er Régiment de parachutistes d'infanterie de marine qui succède en 1962 à la première demi-brigade de parachutistes coloniaux.
Le 15 septembre 1999 elle prend le nom de la citadelle général Bergé.